腸道菌失衡和疾病的因果關係還沒有百分之百確定，但很明確的是，以下這些事情會打亂腸道菌平衡，讓繁花似錦的花園變成一片荒蕪。
● 抗生素：抗生素會破壞腸道菌。「有點像森林大火，造成腸道菌叢的生態破壞，大幅降低腸道菌的豐度與多樣性，此時一些伺機性感染的病原菌，如困難梭狀桿菌，就可能過度繁殖並釋放毒素，」吳偉愷解釋，這時就會造成腸道嚴重發炎與腹瀉，這在住院使用抗生素的病人中，不算少見。但他也提到，適當使用抗生素來治療細菌感染是有必要的，大部分的病人在停用抗生素數週後，菌相都能慢慢恢復。
● 壓力：壓力荷爾蒙及腎上腺素增加，會大幅改變腸道菌的行為，讓它們變得有侵略性且危險，同時也會加重腸道發炎反應。
● 高脂、高糖及化學物質：大量高脂、糖及人工化學物質會讓某些壞菌長得特別快，且大量繁殖驅逐益菌，佔地為王。「喜歡吃這些食物養不出好菌的，」賴信志說，暴飲暴食也會造成菌相改變。
● 熬夜：賴信志提到，熬夜會打亂腸道菌的生理時鐘，讓菌叢穩定性及對抗能力減弱。另外，肝臟的解毒功能受到影響，大大增加身體發炎機率。
● 久坐：久坐會造成骨盆腔血液滯留，引起腸道發炎，劉博仁說。
● 酒精過量：會破壞腸道菌相。「以前說酒令人斷腸是對的，」賴信志說，菌叢遭破壞會引起非常嚴重的腸漏。
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